Podczas gdy w XIII wieku budowano kościół miejski St. Marien, w tym samym czasie powstało drugie centrum kościelne: klasztor franciszkanów. Obejmował on prosty kościół klasztorny z kamieni polnych, który został rozbudowany na początku XIV wieku - dzisiejszy kościół św. Po zniszczeniu kościoła Mariackiego w 1945 roku, kościół św. Jana stał się głównym kościołem. Swój obecny status uzyskał dzięki dwóm głównym etapom budowy w XIX i XX wieku.
Obecnie kościół św. Jana w Neubrandenburgu jest bardzo popularny wśród miłośników koncertów organowych i chóralnych. Został zbudowany jako kościół z kamienia polnego klasztoru franciszkanów około 1250/60 r. Po dwóch pożarach przed 1355 r. kościół został rozbudowany z cegły o dwie nawy i sklepienia krzyżowe. W XIV wieku od wschodu dobudowano wieloboczny, długi chór. Po reformacji oddzielone murem pomieszczenie chóru służyło jako magazyn. Zawalił się on w połowie XIX wieku. Kościół został przebudowany w latach 1891-1894. Na przykład sklepienie zostało odnowione i pomalowane w stylu neogotyckim. Po zniszczeniu kościoła Mariackiego w 1945 roku, kościół św. Jana stał się głównym kościołem. Został on odrestaurowany i ponownie przebudowany w latach 1976-1980. Szeroko zakrojone prace renowacyjne prowadzone są ponownie od 2008 roku. W każdą środę od czerwca do września zwiedzający mogą posłuchać muzyki organowej przez 20 minut o godzinie 12.00.
