De St Jacobskerk in Stralsund werd voor het eerst genoemd in een document uit 1303. De kerk, die toen nog in aanbouw was, is de jongste van de drie parochiekerken in de Hanzestad Stralsund. De verschillend geglazuurde vormstenen en de ornamentele rijkdom van de lamellen en friezen onderscheiden de basiliek duidelijk van de andere kerken in Sundian.
De St-Jakobskerk werd gebouwd op de voormalige scheidingslijn tussen de oude en de nieuwe stad van Stralsund. In het midden van de 14e eeuw werd het schip van de oorspronkelijke hallenkerk verhoogd, werden de zijbeuken uitgebreid met kapellen en werd de nieuwe westtoren opgetrokken. De 68 meter hoge toren gaf de koorloze kerk zijn mooiste architectonische kenmerk.
In de loop van haar geschiedenis heeft de Sint-Jacobskerk veel wonden opgelopen. Van de drie parochiekerken in Stralsund leed ze het meest: in 1628 werd ze door dertig kogels getroffen tijdens het beleg van Wallenstein. In 1662 brandde de gotische torenpiramide af door blikseminslag. De barokke torenkoepel werd gebouwd in 1678. Artillerievuur veroorzaakte aanzienlijke schade aan het interieur van de kerk in 1678 en 1715. Aan het begin van de 19e eeuw gebruikten de Fransen de kerk als stal. St. Jakobi werd ook niet gespaard tijdens een luchtaanval op 6 oktober 1944. De prachtige preekstoel van de Stralsundse beeldhouwer Hans Lucht en het olieverfschilderij van Johann Heinrich Tischbein met de motieven "Kruisafneming" en "Hemelvaart" werden echter gespaard. In 1955 werd de Gustav Adolf Hall geïnstalleerd in de galerijen van de toren. De Sint-Jakobskerk werd gerestaureerd met behulp van subsidies van de federale en deelstaatregeringen en de Duitse Stichting voor Monumentenzorg.
Tegenwoordig worden er geen kerkdiensten meer gehouden in de St. Jakobikerk - als stads- en cultuurkerk is het nu een speciale locatie voor evenementen zoals theatervoorstellingen, tentoonstellingen en concerten.
Het nieuwe oude St. Jakobi-orgel is ook sinds 2020 in gebruik. Het instrument was onbespeelbaar sinds het aan het einde van de Tweede Wereldoorlog werd geplunderd. Drie jaar lang werd het herbouwd met behulp van traditioneel 18e-eeuws vakmanschap: Een nieuw Wegscheider-orgel werd geïnstalleerd in de historische barokke orgelkast uit 1741 - een nieuw historisch instrument in het oude historische kleed, zogezegd. Voor het nieuwe orgel werd de 18e-eeuwse klankstijl gekozen. Deze stijl belichaamt krachtige volheid en kleurrijkheid. Geïnspireerd door de stijl van Gottfried Silbermann en Joachim Wagner wordt het orgel geroemd als het eerste grote "Bach-orgel" in MV. Het is ook het grootste nieuwe orgel dat ooit in Mecklenburg-Vorpommern is gebouwd en staat garant voor een breed scala aan concertuitvoeringen, bijvoorbeeld in combinatie met solisten, koren en orkesten.
