Dawny kościół w stylu romańskim został prawie całkowicie zniszczony podczas wielkiego pożaru miasta w 1397 roku. W dniu 6 czerwca 1397 r. Johann, biskup Gardy i biskup pomocniczy nieobecnego Johanna von Camin, który był obecny w Malchin, udzielił spalonemu kościołowi św. Jana w Malchin odpustu "na odbudowę i wyposażenie" w celu szybkiego wsparcia odbudowy kościoła. Nowy budynek kościoła został konsekrowany już w 1440 roku.
Został zbudowany jako trójnawowa gotycka bazylika. Pierwotna gotycka iglica runęła w 1648 roku i została zastąpiona barokową kopułą, która została nieznacznie zmieniona w 1897 roku.
Gotycki kościół jest symbolem, którego cechami charakterystycznymi są z jednej strony pięknie zorganizowana i widoczna struktura elementów nośnych i łączących budynek, a z drugiej strony traktowanie światła, "przezroczystość ścian". Nasz kościół - przestrzeń spokoju z dużymi oknami na świat zewnętrzny. Konstrukcja ołtarza jest dziełem z 1824 roku, a obraz przedstawiający ukrzyżowanie Chrystusa został stworzony przez Wilhelma Krügera. Otaczające kolumny wykonane są ze stiuku lustro, substytutu marmuru. Na szczycie znajdują się apostołowie Piotr i Jan. Ukrzyżowanie Chrystusa jest obramowane przez witraże po lewej i prawej stronie, które zostały zainstalowane w latach 1902/03. Poniżej okien znajdują się dwa stare nagrobki, z których lewy przedstawia kanonika z Güstrow, Nikolausa Breyde. Nagrobek po prawej stronie upamiętnia dr Johannesa Sadenwathera, zasłużonego burmistrza i kronikarza Malchin, oraz jego żonę.
Barokowa fasada organów pochodzi ze starych organów z 1780 roku i została pozostawiona na miejscu, gdy meklemburski budowniczy organów Friedrich Friese zbudował nowe organy dla kościoła w 1877 roku. Organy mają dwa manuały, pedał i 28 przystanków. Herb Meklemburgii na emporze przypomina o zjazdach stanowych w Malchin.
W kaplicy Mariackiej, nad XIX-wiecznymi organami Lütkemüllera, zachowała się XV-wieczna grupa krzyża triumfalnego, która niegdyś znajdowała się nad schodami do prezbiterium dużego kościoła.
Największym skarbem naszego kościoła jest XV-wieczny ołtarz Najświętszej Marii Panny. Dzieło to pierwotnie służyło jako ołtarz główny po konsekracji naszego kościoła w 1440 r. W centrum rzeźbionego stałego boku znajduje się koronacja Maryi, matki Jezusa. U jej boku znajduje się 36 świętych, w tym dwunastu apostołów. Zewnętrzne panele skrzydeł ołtarza opowiadają historię życia Jezusa, jego narodzin i męki, a także Jana Chrzciciela i legendy z życia Jana Ewangelisty.
Wymiary techniczne kościoła:
Wysokość wnętrza kościoła: 22 metry
Długość: 42 metry
Wysokość wieży kościoła: 65 metrów
